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产品分类

LncRNA测序

技术简介



长链非编码RNA(Long non-coding RNA,LncRNA)是一类长度超过200nt,不编码蛋白质的RNA分子。这类RNA分子在表观遗传水平、转录水平以及转录后等水平调控基因的表达,从而普遍参与动植物的各种生理学过程。此外,还证实LncRNA与ai症、心血管疾病、神经退行性疾病等多种人类疾病密切相关。目前,LncRNA已经取代miRNA成为近几年来耀眼的明星RNA分子,是国际上的研究热点。

津科生物提供的LncRNA测序服务同时分析特定样品中的全部LncRNA和mRNA,并根据已知数据库和文献对LncRNA进行详细注释,能够帮助客户筛选与特定生物学过程或疾病相关的LncRNA,并为后续的LncRNA功能和机制研究提供极大的便利。配合津科生物强大的生信分析实力,我们提供的不仅是海量的测序数据,而且是根据您的研究目的,有针对性地挖掘提炼出取之即可用的结果及出版级图片。


津科优势


(1)适用于降解样品
       大部分公司采用低成本Oligo d(T)法富集LncRNA,但降解样品中的LncRNA和mRNA会丢失Poly(A)尾巴,从而无法被检测到。津科生物采用特有的,可适用于降解样品的去rRNA试剂盒,能够极大程度地保留降解样品中的LncRNA信息。尤其适合于临床样品的LncRNA检测。
(2)全面检测全部LncRNA
       约有20%的LncRNA没有Poly(A)尾巴,如果采用Oligo d(T)富集法会丢失这部分LncRNA信息。津科生物拥有市面上全的,针对不同物种的去rRNA试剂盒,能够保留全部LncRNA信息。
(3)链特异性检测
       很多mRNA基因位点会生成与转录方向相反的、具有重要调控功能的反义LncRNA。常规建库方法无法区分这些反义LncRNA,而津科生物采用链特异性建库方法,可以准确检测反义LncRNA,提供全 面的LncRNA组信息。
(4)一站式服务
        客户只需提供细胞、组织、体液或总RNA,津科生物为您完成从样品准备,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。
(5)专业化的生物信息学分析
        津科生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析要求


样本要求


(1)样品类型

组织、细胞、体液或RNA样品。其它类型样品请详询。

(2)样品量

a) 细胞:2×107

b) 组织:100 mg

c) 体液:全血、血清、血浆2-3 ml

脑脊液:5ml

尿液:50ml

d) 总RNA:2μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5; 无明显降解,电泳检测样品特征性条带完整清晰,无明显弥散或拖尾) 

(3)样品运输及保存

      样品运输:样品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰运输 

样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;血液样品应使用EDTA抗凝,不可用肝素;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。


数据分析(下列有※表示个性化分析)


1、差异LncRNA的筛选

目的:筛选(Fold Change≥ 2,  P值≤ 0.05)两组或多组样品间的差异表达LncRNA。 

注:Fold Change代 表差异倍数,P值代 表差异明显,筛选中采用的倍数变化会根据具体数据情况进行调整

 

 

2、LncRNA靶基因共表达网络分析(CNC)※

利用LncRNA与mRNA的共表达关系,构建LncRNA-mRNA共表达网络图,帮助发现LncRNA的靶基因,并推断LncRNA的功能

 

 

3、LncRNA靶基因集信号通路富集分析(LncRNA-GSEA)

筛选与LncRNA共表达的靶基因,然后通过GSEA分析发现这些靶基因参与的信号通路,发现LncRNA参与调控的主要信号通路,帮助确定LncRNA的功能

 

 

4、LncRNA临近靶基因GO和信号通路分析

搜索差异LncRNA的临近基因,然后用差异表达的临近基因进行GO富集分析和信号通路分析,了解LncRNA对临近基因的影响,并以此推断LncRNA参与的生物过程、分子功能和细胞组分

 

 

 

5、LncRNA-miRNA-mRNA关联分析※

一些LncRNA可以通过与miRNA结合,调节miRNA靶基因的表达。通过LncRNA-miRNA-mRNA关联分析,可以帮助推断作为miRNA海绵发挥作用的LncRNA以及作用机制

 

 

6、LncRNA上游转录因子分析※

     预测特定LncRNA上游的转录因子结合位点,帮助判定该LncRNA所受的调控机制