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外泌体cirRNA测序

技术简介


外泌体(Exosomes)是一种直径在40-100 nm的圆形单层膜结构,是细胞外泌囊泡中体积较小的一种。外泌体可被大多数细胞分泌,并分布于唾液、血浆、乳汁、尿液等体液中。外泌体中不仅包含蛋白质成分,还包括一些RNA成分,如微小RNA ( microRNA,miRNA)、长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、mRNA和环状RNA(circular RNA,circRNA)。环状RNA(circular RNA)是近来新发现的一种非编码RNA分子,研究趋势火爆。环状RNA表达具有组织和疾病特异性,与组织发育、疾病发生发展密切相关。此外环状RNA不易降解,可做为新型疾病分子标志物。外泌体环状RNA的研究势必会为疾病诊断与治疗带来极大帮助。

津科生物环状RNA测序服务,采用Cloudseq CircRNA Enrichment Kit,能够去除样本中的线性mRNA和rRNA,能够帮助客户以合理的成本检测到更多的环状RNA。此外,Cloudseq CircRNA Enrichment Kit 覆盖了几乎全部已知物种,对环状RNA的研究将不再局限于人、小鼠和大鼠等常见物种。 


津科优势 


适用于任何物种

可以检测几乎任何动植物的环状RNA。 

适用于降解样品

可以检测部分降解的样品的环状RNA。 

有效数据量高

通过商业化kit富集环状RNA,极大地提高了有效数据比例。

性价比高

能够以较低的成本检测更多的环状RNA。 

一站式服务

客户只需提供血清、血浆、细胞上清、体液或外泌体,津科生物为您完成从样品准备、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程。 

专业化的生物信息学分析 

津科生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析要求。 


样本要求


(1)样品类型

血清、血浆、细胞上清、体液或外泌体总RNA样品。其它类型样品请详询。 

(2)样品量

a)血清:5 mL

b)血浆:5 mL

c)细胞上清:20 mL

d)体液:

唾液:15 mL

鼻涕:15 mL

尿液:100 mL

脑脊液:10 mL

e)外泌体总RNA 2 μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5; 无明显降解,电泳检测样品特征性条带完整清晰,无明显弥散或拖尾 )
(3)样品运输及保存
样品运输:样品置于1.5mL离心管中,封口膜封好,干冰运输。
样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;血液样品应使用EDTA抗凝,不可用肝素;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。


数据分析(下列有※表示个性化分析)


1、环状RNA的识别与注释

通过环状RNA高通量测序,采用严谨的生物信息分析学流程识别鉴定环状RNA,并根据他们在基因组上位置和数据库中来源进行注释。津科生物整合了来自文献、数据库的多个物种的circRNAs,构成目前世界上较全的circRNA数据库circDB,对环状RNA的来源进行了注释,并展示了环状RNA与疾病的关系,以节省耗时的文献查找和阅读。

 


2、差异环状RNA的筛选

按照预设的筛选标准(Fold Change≥2, P值≤ 0.05)筛选出差异表达的环状RNA。
注:Fold Change代 表差异倍数,P值代 表差异明显性,筛选中采用的倍数变化会根据具体数据情况进行调整

 

3、差异环状RNA的聚类

 

 

 

4、差异circRNA的来源基因的GO和信号通路分析

对差异circRNA的来源基因进行功能和信号通路富集分析,以便推断circRNA的功能。

 

 

 


5、circRNA-miRNA相互作用网络※

通过circRNA-miRNA相互作用网络分析,可以帮助解析作为miRNA海绵发挥作用的环状RNA的功能以及作用机制。